Von den eingenommenen Studienbeiträgen fließen zunächst 2 % an den Sicherungsfonds des Bayerischen Wissenschaftsministeriums. Die verbleibenden Mittel werden zu 25 % für zentrale Maßnahmen eingesetzt. 75 % der Mittel stehen den Fakultäten zur Verfügung. Wofür die Studienbeiträge eingesetzt werden, darüber entscheiden die Studierenden paritätisch mit. Die Entscheidungsgremien sind zur Hälfte mit Studierendenvertretern besetzt.

Die zentralen Mittel werden an der Hochschule Coburg vorrangig dafür eingesetzt, den Service und die Beratung für die Studierenden zu verbessern, das Lehrangebot weiter auszubauen, die Bibliotheksausstattung zu erweitern und die IT-Infrastruktur auf den neuesten Stand zu bringen.

Die Verwendung der Studienbeiträge in den einzelnen Fakultäten hängt sehr stark von den fachlichen Bedingungen ab. Hier gibt es Unterschiede zwischen den technischen, sozialen, wirtschaftlichen und Design-Studiengängen.